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Erreurs fréquentes

Ce guide regroupe les problèmes les plus courants, leurs causes et leurs solutions.

Tableau récapitulatif​

SymptômeCause probableSolution
pw.x not foundQE non installé ou absent du PATHpw.x introuvable
mpirun not foundMPI non installéMPI
error while loading shared librariesLibs FFTW/MPI manquantesBibliothèques
Calculs très lentsOpenMP + MPI mal configurésPerformance MPI
Pas de graphiques terminalplotext/matplotlib absents ou cache PythonGraphiques manquants
pw.x exit code 1 (Docker)QE incomplet dans l'imageDocker
Énergie identique entre itérationsOutput QE non rafraîchiConvergence
symbole chimique inconnuFormule chimique invalideFormule invalide

pw.x introuvable​

Symptôme :

ERROR: ❌ pw.x executable not found

Solutions :

  1. Passer le chemin explicitement :

    python3 qe_runner.py input.in --qe-path /path/to/qe-7.0

  2. Ajouter au PATH :

    export PATH="/path/to/qe-7.0/bin:$PATH"

  3. Chemin absolu vers l'exécutable :

    python3 qe_runner.py input.in --pw /path/to/qe-7.0/bin/pw.x

  4. Module HPC :

    module load quantumespresso

MPI introuvable​

Symptôme :

WARNING: ⚠️  mpirun not found in PATH, running on single core

Solutions :

# Ubuntu/Debian
sudo apt-get install -y libopenmpi-dev openmpi-bin

# CentOS/RHEL
sudo dnf install -y openmpi openmpi-devel
module load mpi/openmpi

Bibliothèques manquantes​

Symptôme :

pw.x: error while loading shared libraries: libfftw3f.so.3: cannot open shared object file

Solution :

export LD_LIBRARY_PATH="/home/user/qe-7.0/lib:$LD_LIBRARY_PATH"

Ou installer les dev packages :

sudo apt-get install -y libfftw3-dev   # Ubuntu
sudo dnf install -y fftw-devel          # Fedora

Performance MPI​

Symptôme : Calculs MPI plus lents que prévu, avertissements OpenMP.

Solution :

export OMP_NUM_THREADS=1
python3 qe_runner.py input.in --nproc 4

Une seule thread OpenMP par rang MPI est recommandée pour Quantum ESPRESSO.

Graphiques manquants​

Symptôme :

⚠ plotext non disponible. Installez avec: pip install plotext
⚠ matplotlib non disponible, graphiques PNG ignorés

Solutions :

  1. Installer les dépendances :

    pip install plotext matplotlib

  2. Nettoyer le cache Python :

    rm -rf __pycache__ *.pyc

  3. Visualiser des données existantes :

    python3 plot_convergence.py Si
    python3 plotter.py epsilon_out/Si_epsr.dat

Docker​

Symptôme : pw.x échoue avec exit code 1 dans le conteneur.

Causes :

  • Paquet QE Debian incomplet (anciennes images)
  • Permissions insuffisantes sur /data

Solutions :

  • Utiliser l'image à jour : docker pull lauryneelv/qe-to-tcad:latest
  • Vérifier les permissions du volume monté : docker run -v "$PWD:/data" ...
  • Préciser --epsilon empiric (pas de prompt Y/N sans -it)
  • Avec sudo docker, passer la clé explicitement : -e MP_API_KEY="votre_clé"
  • Sur Mac Apple Silicon : ajouter --platform linux/amd64 si l'image ne démarre pas
Anciennes images (< 0.2.7)

Depuis 0.2.7, OpenMPI autorise mpirun en root dans l'image. Ne documentez -e OMPI_ALLOW_RUN_AS_ROOT=1 que pour dépanner d'anciennes images.

Formule chimique invalide​

Symptôme :

❌ Erreur: symbole chimique inconnu 'Bo' dans 'BBo'.

Cause : La chaîne passée à fetcher.py ou qe-bridge n'est pas une formule chimique valide. Chaque segment doit correspondre à un élément du tableau périodique (Si, C, Ge…), pas à une chaîne arbitraire.

Exemple déclencheur :

python3 fetcher.py BBo   # 'Bo' n'est pas un symbole chimique valide

Solution : Vérifiez l'orthographe de la formule. Utilisez uniquement des symboles d'éléments reconnus :

python3 fetcher.py B     # Bore
python3 fetcher.py Si    # Silicium
python3 fetcher.py SiGe  # Alliage silicium-germanium

Convergence​

Symptôme :

ERREUR: Mise à jour de l'input échouée! L'énergie est identique à l'itération précédente.

Cause : Ancien fichier .out non supprimé avant relance.

Solution : Le convergence_manager supprime automatiquement les outputs obsolètes. Si l'erreur persiste, supprimez manuellement les fichiers dans out/ et relancez.

Support​